19 апреля 1943 г. постановлением СНК СССР № 15-138сс, Управление особых отделов НКВД СССР было изъято из ведения НКВД СССР и передано Народному комиссариату обороны (НКО), с реорганизацией его в Главное управление контрразведки НКО («Смерть шпионам» — «Смерш»).

Этим же постановлением отдел Управления особых отделов НКВД СССР по обслуживанию Военно-Морского флота был передан в Народный комиссариат Военно-Морского флота СССР. На базе этого отдела было образовано Управление контрразведки «Смерш» НКВМФ СССР. Уже в мае Постановлениями ГКО СССР были утверждены соответствующие Положения об органах «СМЕРШ», которые объявлялись централизованной организацией и должны были подчиняться только своим вышестоящим органам и информировать военные советы фронтов (флотов), армий, командиров соединений, частей и учреждений армии и флота по вопросам своей работы: — о результатах борьбы с агентурой противника; о проникновении в войска (на флоты) антисоветских элементов; о результатах борьбы с государственной изменой и предательством, дезертирством и членовредительством. Указанные меры позволяли органам «СМЕРШ» своевременно принимать необходимые агентурно-оперативные и иные (через командование) меры по созданию на фронтах (флотах) условий, исключающих возможность ведения спецслужбами фашистской Германии разведывательно-подрывной деятельности в войсках и на кораблях. В мае 1946 г. ГУКР «Смерш» вошло в состав Министерства госбезопасности СССР в качестве самостоятельного главного управления (военная контрразведка).