В начале 1941 года руководством страны была начата масштабная реорганизация, в рамках которой Указом Президиума Верховного Совета СССР от 3 февраля НКВД СССР был разделен на Народный комиссариат внутренних дел и Народный комиссариат государственной безопасности, а постановлением Совета народных комиссаров СССР от 8 февраля 1941 года особые отделы были выделены из НКВД СССР и переданы в Наркомат обороны (в качестве 3-го Управления НКО СССР) и Наркомат военно-морского флота (в качестве 3-го Управления НКВМФ СССР).

В связи с нападением нацистской Германии на СССР реорганизация системы советских органов госбезопасности была прервана, в связи с чем: постановлением Государственного комитета обороны (ГКО) от 17 июля 1941 года на базе 3-го Управления НКО СССР создано Управление особых отделов (УОО) НКВД СССР. Третьи отделы и отделения фронтов, округов, армий, корпусов, дивизий были переименованы в особые отделы и подчинены УОО.

А также Указом Президиума Верховного Совета СССР от 20 июля 1941 года народные комиссариаты госбезопасности и внутренних дел вновь объединены в одно ведомство – НКВД СССР; постановлением ГКО от 10 января 1942 года вместо 3-го Управления НКВМФ СССР создан отдел морской контрразведки в составе Управления особых отделов НКВД СССР. Третьи отделы и отделения флотов и флотилий были переименованы в особые отделы и подчинены УОО.

После победы советских войск под Москвой, а затем и под Сталинградом обстановка на советско-германском фронте стабилизировалась. В этих условиях возросла наступательность особых отделов НКВД СССР в борьбе со спецслужбами противника. Сложилась система сбора оперативных данных о немецких разведывательных органах, наладилась зафронтовая работа по проникновению в спецорганы врага на оккупированных территориях.